Situata al centro del Mar Tirreno, a 11 miglia dal Promontorio dell'Argentario con il suo clima mite favorisce ai visitatori una vacanza piena di sorprese in tutte le stagioni, a stretto contatto con una realtà ancora genuina ed incontaminata come solo in pochi altri luoghi si può ancora trovare.Il mare cristallino color smeraldo, con i suoi fondali ricchi e pescosi, fanno da cornice ad un territorio per il 90% ancora selvaggio, che invita ad avventurarsi per i molti percorsi pedonali. Fatta eccezione per il promontorio del Franco (caratterizzato da calcari cavernosi triassici e quarziti del paleozoico), l'Isola è costituita quasi esclusivamente da quarzomoniti (granito), ed ha natura prevalentemente montuosa, la sua dorsale raggiunge il punto massimo nel Poggio della Pagana (496 m slm) da dove si gode, in partilocolare nelle giornate più terse, un panorama mozzafiato sull'arcipelago.

Il Giglio è la meta ideale per tutti coloro che amano un rapporto genuino con la natura ed il rustico ambiente paesano, il mare, le passeggiate, il bird-watching, i minerali e l'affascinante mondo sottomarino.
I fondali del Giglio sono infatti tra i più' entusiasmanti del Mediterraneo.
Dal fondo sabbioso si ergono rocce granitiche che circondano l'isola. Le pareti rocciose sono coperte da foreste di gorgonie. Il coloratissimo scenario si riempie di abitanti quali saraghi, corvine, gronghi, cernie e murene.
Quasi tutta l'isola e' circondata da rocce che si ergono dal fondale sabbioso sino a formare secche brulicanti di vita.
La gorgonia rossa raggiunge dimensioni incredibili e ricchi sono i banchi di castagnole.
Ricorrenti sono gli incontri con pesci luna, dentici, banchi di ricciole, tonni e barracuda, soprattutto in primavera per l'influenza delle correnti sulle migrazioni dei pesci.
Per gli appassionati di biologia marina ovunque si possono ammirare axinellae (le gialle spugne a candelabro) spirografi, gerardia savaglia e astrospartus mediterraneus, per la gioia di foto e videosub.
La vicina Giannutri offre la magnifica presenza del corallo rosso e di alcuni relitti pieni di vita.