Con l'istituzione della'rea marina protetta di Ventotene e S. Stefano il mare delle isole è stato dichiarato protetto e sottoposto ad un particolare regime di tutela per garantire la conservazione delle sue risorse naturali, compatibilmente con lo svolgimento delle tradizionali attività economiche, prime fra tutte la pesca ed il turismo.                   
In tutta l'area protetta non sono consentiti l'ancoraggio, ad esclusione delle località appositamente attrezzate, la pesca subacquea e l'asportazione di minerali e rocce.     Inoltre per rispondere alle specifiche necessità di salvaguardia e valorizzazione la riserva è suddivisa in tre zone a diverso grado di tutela dell'ambiente marino e costiero.